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由于纳税筹划在降低纳税人税收负担、取得部分税收利益的同时，必然要为纳税筹划方案的实施付出额外的费用，导致企业相关成本的增加，以及因选择该筹划方案而放弃其他方案所损失的相应机会收益。例如，企业运用转让定价方式减轻自己的税负，需要花费一定的人力、物力、财力在低税负区内设立相应的办事机构，而这些机构的设立可能完全是出于税收方面的考虑，而非正常的生产经营需要。再如，纳税筹划是一项技术很强的工作，筹划人员不仅需要有过硬的财务、会计、管理等业务知识，还要精通有关国家的税收法律、法规及其他相关法律、法规，并十分了解税收的征管规程及存在的漏洞与弊端，因此，企业在纳税筹划前需要进行必要的税务咨询，有些时候还可能需要聘用的税务为企业服务，或直接购买计划。所以，纳税筹划与其他管理决策一样，遵循成本效益的原则，只有当筹划方案的所得大于支出时，该项纳税筹划才是成功的筹划。
纳税筹划是一门科学，有其规律可循。但是，一般的规律并不能代替一切，不论多么成功的纳税筹划方案，都只是一定的历史条件下的产物，不是在任何地方、任何时候、任何条件下都可适用的。纳税筹划的特征是不违法性，究竟何为违法，何为不违法，这完全取决于一个国家的具体法律。随着地点的变化，纳税人从一个国家到另一个国家，其具体的法律关系是不同的；随着时间推移，国家的法律也会发生变化。企业面对的具体的国家法律法规不同，其行为的性质也会因此而不同。由此可见，任何纳税筹划方案都是在一定的地区、一定的时间、一定的法律法规环境条件下、以一定的企业的经济活动为背景制定的，具有针对性和时效性，一成不变的纳税筹划方案，终将妨碍企业财务管理目标的实现，损害企业股东的权益。所以，如果企业要想长久地获得税收等经济利益的大化，就密切注意国家有关税收法律法规的变化，并根据国家税收法律环境的变化及时修订或调整纳税筹划方案，使之符合国家税收政策法令的规定。
税务机关在构建指标时，有层级的概念。在财务分析中，的杜邦财务分析体系有个核心指标，就是净资产收益率；在净资产收益率下，有二层指标（资产负债率、资产收益率等），层层将财务指标进行分解。税务机关在构建纳税评估风险分析指标体系时，也是使用了同样的思路。
通常，税务机关认为税负率是核心指标，会抓取行业的平均税负率。之后，每个企业也需要思考核心的二层指标。如增值税的分析上，纳税多少的主要影响因素显然是毛利率，医药企业、烟草企业毛利率高，所以纳税多，而传统的纺织企业则因为毛利率低而导致纳税少。而在企业所得税上，虽然毛利率与税负有直接的关系，但是决定所得额的还有费用率，所以税务机关对营业费用率也是比较关注的。
